Gdy sprawdzam nowe wiadomości skrótem f9 to całość ładuje się sekundę, może dwie. Potem same wiadomości nawet krócej, jednak w sumie trochę to trwa. tym czasem gdy sprawdzam następną wiadomość przez II odbywa się to błyskiem. Czy to jakoś inaczej jest sprawdzane?

Tak. Na serwerze jest kilka milionów wiadomości. Kiedy sprawdzamy je przez "Co nowego", musi być sprawdzone, czy są jakieś nieprzeczytane i ile ich jest. Innymi słowy trzeba sprawdzić wszystkie.
Kiedy używamy II, sprawdzana jest tylko jedna, najbliższa o ID większym lub mniejszym wysłana przez nas lub do nas. Tak więc zamiast przeszukiwać miliony wiadomości, sprawdzanych jest, zależnie od wiadomości wysłanych w między czasie przez innych, kilkadziesiąt, kilkaset, może kilka tysięcy.

Inna sprawa, że w "Co nowego" największym wyzwaniem są blogi. Wordpress traktuje każdy blog osobno. Tak więc zamiast zapytać "Czy są nowe wpisy", musimy odpytać o nowe wpisy na każdym blogu z osobna. A to trwa baaaaaaardzo długo.